Это не проблема. Если Вы внимательно посмотрите на мастер работы с правилами в "толстом клиенте" - MS Outlook - то заметите, что для правил перемещающих сообщения в папки не отображается уведомление на рабочем столе.
Если просто, то это связано с тем, что данные правила отрабатывают на сервере. В момент попадания письма в почтовый ящик, на сервере Exchange срабатывает "диспетчер" правил, который и перекладывает письмо в нужную папку. А механизм, отвечающий за отображение уведомлений на рабочем столе в Outlook, просто не видит всех этих перемещений. Это механизм срабатывает только на папку Входящие.
Можно обойти это ограничение, если перенести обработку правил с сервера на клиента. Тогда письмо сначала попадёт во Входящие, затем Outlook переместит его в нужную папку и отобразит уведомление на рабочем столе. Для этого в окошке "Что следуем сделать с сообщением?" надо отметить строчку "вывести оповещение на рабочем столе". При сохранении такого правила Outlook выдаст сообщение, что "...данное правило будет обрабатываться только в Ootlook" Это значит, что пока у Вас Outlook закрыт все письма попадают в папку Входящие. Сортировка по папкам начнётся только когда Вы запустите Outlook. ИМХО это не удобно - в мобильных клиентах всё будет свалено в кучу и отсортируется оп папкам только при открытии Outlook