Я думаю у вас не верно настроены параметры com порта (RS-232) - битрейт, CRC, управление потоком и тд.
Вот вырезка из справки
В состав модуля входит ПО GPS Time Reader (C:\AlphaCenter\GPSReader\GPSReader.exe). Программа в основном используется для проверки правильности подключения GPS/ГЛОНАСС-приемника к ПК. Так же она позволяет корректировать время ПК с временем GPS/ГЛОНАСС-приемника и работать в режиме чтения данных из СОМ-порта без их анализа и разбора. Этот режим полезен для диагностики правильности работы и подключения к COM-порту GPS/ГЛОНАСС-приемника.
Настройка программы заключается в указании COM порта и скорости, к которому подключен GPS/ГЛОНАСС-приемник. Если необходимо, чтобы программа автоматически корректировала время, то надо выбрать флажок Устанавливать время автоматически. Для того, чтобы программа начинала работать при старте компьютера и после входа пользователя в систему необходимо выбрать флажок Автоматический старт при входе Windows.
Замечания по работе программы:
1.Обычно GPS/ГЛОНАСС-приемник работает на скорости 4800. GPS/ГЛОНАСС-приемник УССВ-2 работает на скорости 9600;
2.УССВ-2 имеет 3 интерфейса (RS-232, RS-485 и USB) которые можно использовать одновременно;
3.Для повышения точности коррекции системного времени можно использовать сигнал PPS с частотой 1 Гц. УССВ-2 выдает сигнал PPS только по RS-232 порту;
4.Любой GPS/ГЛОНАСС-приемник имеет встроенные часы, поэтому с него всегда читается время вне зависимости «видит» он спутники или нет;
5.Если GPS/ГЛОНАСС-приемник «видит» достаточное количество спутников для коррекции времени, он подтверждает время специальным статусом(A) в строке $GPRMC,130415.00,A,5545.0622,N,03746.3432,E,000.00 000,043.6,020415,,,A*58;
6.Скорректировать системное время Windows возможно, только если получено подтверждение времени от спутников - рамки GPS UTC время и GPS локальное время будут выделены зеленым цветом, как на картинке выше, если красным - то нет подтверждения и коррекция времени невозможна;
7.Программа может корректировать системное время Windows, только если она запущена под пользователем с правами Администратор;
8.При установке системного времени Windows используются настройки часового пояса;
9.Автоматически время корректируется, если расхождение времени не больше 60 минут;
10.Если необходимо, чтобы программа работала как сервис и сохраняла журнал коррекции времени в базе данных, то в этом случае используйте задание Time в Диспетчер заданий.
11.Программа ведет журнал своей работы размер которого не превышает 1 Мб (зациклен);
12.Если в качестве типа УССВ указать RS-232: чтение данных, то программа будет просто читать данные из COM-порта, наподобие программы HyperTerminal в Windosws XP.