Уговорить убунту принять сертификат, сгенерированный на основе RSA-SHA1 не удалось, решили пойти по пути обновления корневого сертификата.
Оказалось, что это очень просто и быстро.
Делал вот по этой статье, если кому интересно.
Вкратце:
На сервере, на котором установлено Certification Authority...