Можно сначала забэкапиться, затем тормознуть хост и поменять контроллер, затем обновить ESXi. Я бы так действовал.
Еще вариант -HA cluster собрать, мигрировать туда ВМ, перевести в maintenance mode нужный хост ну и тд, но тут железо нужно. Но по идее это менее заметно будет для конечного...